Les fonds structurels européens désignent :

• le Fonds européen de développement régional (FEDER) : règlement (CE) du Parlement européen et du Conseil du 12 juillet 1999 (n° 1783/1999) (JOCE L 213 du 13 août 1999);
• le Fonds social européen (FSE) : règlement (CE) du Parlement européen et du Conseil du 12 juillet 1999 (n° 1784/1999) (JOCE L 213 du 13 août 1999);
• le Fonds européen d'orientation et de garantie agricole (FEOGA) : règlement (CE) du Conseil du 17 mai 1999 (n° 1257/1999) (JOCE L 160 du 26 juin 1999);
• l'Instrument financier d'orientation de la pêche (IFOP) : règlement (CE) du Conseil du 21 juin 1999 (n° 1263/1999) (JOCE L 161 du 26 juin 1999).

Pour la mise en oeuvre de ces fonds, le règlement général règlement (CE) du Conseil du 21 juin 1999 (n° 1260/1999), portant dispositions générales sur les fonds structurels (JOCE L 161 du 26 juin 1999),  a distingué deux autorités : une autorité de gestion et une autorité de paiement.

Cette distinction a pour objet une séparation des tâches dans un objectif de meilleur contrôle entre les fonctions liées à la mise en oeuvre du programme (gestion, suivi et contrôle) et celles concernant la stricte gestion financière.

L'autorité de gestion est responsable de l'efficacité et de la régularité de la gestion ainsi que de la mise oeuvre des opérations financées par les fonds structurels. A ce titre, elle est notamment chargée de collecter les données statistiques pour l'évaluation des opérations financées, de présenter le rapport annuel d'exécution à la Commission et de mettre en oeuvre des mesures de contrôle interne.

Quant à l'autorité de paiement, le coeur de sa fonction réside dans la certifictaion des états de dépenses réalisées par les maîtres d'ouvrage, états qui doivent être adressés à la Commission. L'autorité de paiement est également chargée de recevoir les crédits communautaires et, si l'autorité de gestion le décide, de payer les maîtres d'ouvrage après contrôle du service fait.

Les modalités d'exécution du règlement du 21 juin 1999 sont définies par le règlement (CE) de la Commission du 10 mars 2004 (n°448/2004) modifiant le règlement (CE) n°1685/2000 en ce qui concerne l'éligibilité des dépenses dans le cadre des opérations cofinancées par les fonds structurels (Journal officiel n°L072 du 11/03/2004 p. 0066 - 0077).