La France a fait le choix d’une gestion déconcentrée des fonds structurels européens, en confiant aux préfets de région la double fonction d’autorité de gestion et d’autorité de paiement par des programmes régionaux. La loi du 6 février 1992 (article 5) leur donne la compétence de gestion des politiques nationales et communautaires en matière d’aménagement du territoire et de développement économique.

Devant certaines difficultés de mise en œuvre débouchant sur une faible consommation des crédits alloués à la France au titre des fonds structurels, plusieurs mesures de simplification ont été annoncées par le Gouvernement à la suite du Conseil des ministres du 31 juillet 2002.

Dans le cadre de la procédure dite de "subvention globale", les collectivités peuvent dorénavant assumer, dans leur domaine de compétences, la gestion déléguée d'une partie du programme de leur région, au-delà du seuil de 25% de son montant total qui était fixé jusqu’à présent (circulaire interministérielle du 19 août 2002). Toutefois, la gestion du programme reste exercée sous la responsabilité du préfet de région, qui conserve les fonctions d'autorité de gestion et de paiement.

Parallèlement au développement de la subvention globale, le Gouvernement a décidé d'expérimenter le transfert de la gestion d'un programme à une région, l'Alsace, à compter du 1er janvier 2003. Le préfet de région et le conseil régional d’Alsace ont signé le 6 septembre 2002 un protocole confiant l’autorité de gestion et l’autorité de paiement à la région. Dorénavant, la région Alsace bénéficie de la maîtrise directe des fonds structurels européens et en assume la responsabilité financière devant la Commission européenne, en lieu et place des services de l’Etat.

Enfin, pour répondre au besoin exprimé d’un appui accru aux préfectures de région pour l’exercice des fonctions d’autorité de paiement, le Gouvernement a donné la possibilité aux autorités de gestion de confier les fonctions d’autorité de paiement au Trésor public ou à un autre organisme. L’offre de service présentée par le Trésor public aux préfets de région s’inscrit dans le cadre d’un renforcement du partenariat avec les préfets, cette offre, qui ne donne pas lieu à rétribution, comporte deux volets :

-l'exercice, par délégation du préfet, de l’ensemble des fonctions dévolues à l’autorité de paiement, afin de garantir l’accélération de la mise à disposition des crédits et le paiement rapide des porteurs de projets, d’assurer une sécurisation et une mise en cohérence de la chaîne des contrôles tout en garantissant la qualité de l’information financière et en allégeant les charges administratives des préfectures ;

-l’appui à l’autorité de gestion, avec une mobilisation forte du réseau des comptables pour apporter une aide à l’émergence et au suivi des projets menés par les collectivités publiques dans l’objectif d’accélérer la remontée des dépenses déclarées. Cette aide comporte également une assistance des services économiques de la trésorerie générale à la programmation des projets afin, sur demande du préfet, d’accompagner un porteur de projet de façon opérationnelle dans le montage de son dossier, dans la réalisation du tour de table financier et dans la passation des marchés, en lui garantissant le respect de toutes les règles communautaires et nationales.