de la loi n°84-53 du 26 janvier 1984 [1] prévoit les congés de maladie auxquels peut prétendre un fonctionnaire en activité.
Ainsi, le fonctionnaire en activité a notamment droit :
"3° A des congés de longue maladie d'une durée maximale de trois ans dans les cas où il est constaté que la maladie met l'intéressé dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions, rend nécessaires un traitement et des soins prolongés et présente un caractère invalidant et de gravité confirmée. Le fonctionnaire conserve l'intégralité de son traitement pendant un an ; le traitement est réduit de moitié pendant les deux années qui suivent. L'intéressé conserve, en outre, ses droits à la totalité du supplément familial de traitement et de l'indemnité de résidence. (...)
4° A un congé de longue durée, en cas de tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis, de trois ans à plein traitement et de deux ans à demi-traitement. Le fonctionnaire conserve ses droits à la totalité du supplément familial de traitement et de l'indemnité de résidence. (...)
4° bis. Après six mois consécutifs de congé de maladie pour une même affection, après un congé de longue maladie ou un congé de longue durée, les fonctionnaires peuvent être autorisés, après avis du comité médical compétent, à accomplir un service à temps partiel pour raison thérapeutique, accordé pour une période de trois mois renouvelable dans la limite d'un an pour une même affection. (...)
Les fonctionnaires autorisés à travailler à temps partiel pour raison thérapeutique perçoivent l'intégralité de leur traitement".
A - Les congés de longue maladie
1- Le traitement, le supplément familial de traitement (SFT) et l’indemnité de résidence (IR)
Conformément aux dispositions de l’article 57 précité, le fonctionnaire en congé de longue maladie conserve l’intégralité de son traitement pendant un an puis la moitié de ce traitement pendant les deux années qui suivent. Il conserve, par ailleurs, l’intégralité du SFT et de l’IR.
2- La nouvelle bonification indiciaire (NBI)
En application de l’article 2 du décret n°93-863 du 18 juin 1993 [2] "le bénéfice de la nouvelle bonification indiciaire est maintenu aux fonctionnaires dans les mêmes proportions que le traitement pendant la durée des congés mentionnés aux 1°, 2° et 5° de l'article 57 de la loi du 26 janvier 1984 modifiée susvisée ainsi qu'au 3° de ce même article tant que l'agent n'est pas remplacé dans ses fonctions."
Par conséquent, en cas de congé de longue maladie, la NBI est maintenue dans les mêmes proportions que le traitement tant que l’agent n’est pas remplacé dans ses fonctions. En cas de remplacement de l’agent, il ne peut plus prétendre au bénéfice de la NBI.
3- Le régime indemnitaire
L’article 57 précité ne règle pas le sort du régime indemnitaire en cas d’absence pour maladie.
Par ailleurs, si le décret n°2010-997 du 26 août 2010 [3] fixe les dispositions relatives au maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés et notamment en maladie ordinaire, les principes définis dans ce texte n’ont pas été transposés dans la fonction publique territoriale.
Ainsi, convient-il, le cas échéant, de se référer aux textes instituant les primes et indemnités.
- L’indemnité horaire pour travaux supplémentaires (IHTS) : Aux termes de l’ article 2 du décret n°2002-60 du 14 janvier 2002 [4] , "les indemnités horaires pour travaux supplémentaires peuvent être versées, dès lors qu'ils exercent des fonctions ou appartiennent à des corps, grades ou emplois dont les missions impliquent la réalisation effective d'heures supplémentaires, aux fonctionnaires de catégorie C et aux fonctionnaires de catégorie B."
- L’indemnité forfaitaire de travaux supplémentaires (IFTS) : Le décret n°2002-63 du 14 janvier 2002 [5] ne prévoit pas le maintien du versement de l’IFTS aux agents placés en congé de maladie. Par ailleurs, l’article 3 dudit décret indique que le montant de l’IFTS "varie suivant le supplément de travail fourni et l’importance des sujétions auxquels le bénéficiaire est appelé à faire face dans l’exercice effectif de ses fonctions".
Ainsi, il a été jugé que ces indemnités constituaient des indemnités liées à l’exercice des fonctions dont le versement devait être suspendu à un agent en congé pour des raisons de maladie (CE, 11 septembre 2006, 252517).
- L’indemnité d’administration et de technicité (IAT) : Le décret n°2002-61 du 14 janvier 2002 [6] ne prévoit pas expressément le maintien du versement de l’IAT aux agents placés en congé de maladie. Toutefois, le conseil d’Etat a considéré dans un arrêt du 12 juillet 2006 (CE, 12 juillet 2006, Syndicat CGT des personnels de la préfecture de police, n°274628) que "l'indemnité d'administration et de technicité et l'indemnité forfaitaire de travaux supplémentaires, qui sont liées à l'exercice effectif des fonctions, ne sauraient être regardées comme constituant des éléments du traitement devant être maintenu, dans le cas où les agents qui en bénéficient sont absents pour congés de maladie (…); "
- L’indemnité d’exercice des missions de préfecture (IEMP) : Le décret n°97-1223 du 26 décembre 1997 [7] ne prévoit pas expressément le maintien du versement de l’IEMP aux agents placés en congé de maladie.
- La prime de fin d’année : Si cette prime, dont la nature exacte n’est pas précisée dans la saisine, est un avantage collectivement acquis, il y a lieu de faire application des dispositions de l’article 111 de la loi n°84-53. Or cet article ne règle pas le sort de ces primes en cas d’absence pour maladie.
Le Conseil d’Etat a considéré, dans un arrêt du 10 janvier 2003 (CE,10 janvier 2003, n°221334), qu’en l’absence de dispositions législatives et réglementaires prévoyant son maintien, un agent ne peut pas prétendre au versement de son régime indemnitaire durant sa période de congés de maladie.
Enfin, récemment, il a estimé que le versement d’une indemnité liée à l’exercice effectif des fonctions au cours des congés de maternité et de maladie constitue une faculté laissée à l'appréciation de l'administration dans chaque circonstance d'espèce (Conseil d'Etat n°311290 du 22 février 2010).
Ainsi, conformément aux principes généraux posés par l’article 20 de la loi n°83-634 du 13 juillet 1983 [8] qui subordonne les droits à rémunération des fonctionnaires à l’accomplissement du service, la poursuite du versement d’éléments de régime indemnitaire aux agents absents pour indisponibilité physique doit reposer sur les dispositions prévues par les textes instituant les primes et indemnités ou, à défaut, sur les dispositions de la délibération prise par l’organe délibérant en vertu de l’article 88 de la loi n°84-53 et des articles 1er et 2 du décret n°91-875 du 6 septembre 1991 [9].
Par conséquent, dans la mesure où le texte institutif des primes respectives perçues par un agent ne règle pas le sort de ses modalités de versement en cas d'absence pour maladie, il convient de se référer à la délibération prise par la collectivité laquelle peut s’inspirer des dispositions du décret n°2010-997 précité.
Dans le cas où une délibération maintient expressément le versement des primes concernées en cas d'absence pour maladie, le comptable est fondé à effectuer le versement du régime indemnitaire de l'agent. A défaut, il est fondé à en suspendre le versement.
B - Les congés de longue durée